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核酸提取问题手册——RNA提取

发布时间: 2022-06-15 04:52:00
 

 RNA提取 ●

RNA得率低

1. 组织或者细胞中RNA含量偏低:不同细胞和组织中RNA的丰度不同,如肝脏,胰腺,心脏等是高丰度组织(总RNA含量2-4μg/mg),脑,胚胎,肾脏,肺,胸腺,卵巢等是中丰度组织(总RNA含量0.05-2μg/mg),膀胱,骨,脂肪等是低丰度组织(总RNA含量<0.05μg/mg)。

2. 组织起始量太少或者太多:样品量过少,则细胞组织中RNA含量较低;样品量过多则可能超过裂解液的裂解能力,裂解将不完全,从而导致RNA得率低。

 

RNA降解

1. 提取的材料不新鲜。新鲜组织取得后应立即置于液氮中或立即放入RNAstore试剂中,以保证提取效果。

2. 处理样品量过大,污染了RNase。虽然试剂盒中提供的缓冲液都不含RNase,但使用过程中很容易污染RNase,应小心操作

 

OD260/OD280比值偏低

1. 蛋白质污染:确保不要吸入中间层及有机相。减少起始样品量,确保裂解完全、彻底。加入氯仿后首先要充分混匀,并且离心分层的离心力和时间要足够。如果所得RNA的OD260/OD280比值偏低,则用氯仿重新抽提一次,再沉淀,溶解。

2. 苯酚残留:确保不要吸入中间层及有机相。加入氯仿后首先要充分混匀,并且离心分层的离心力和时间要足够。

3. 多糖或多酚的残留:一些特殊的组织和植物中,多糖、多酚含量较多,这些残留也会导致OD260/OD280比值偏低。因此,从这类材料中提取RNA时,需要注意多糖、多酚杂质的去除。

 

RNA 中有基因组DNA污染

1. 材料中核酸含量高。脾脏、胸腺等组织中的核酸含量较高,可进行多次酚 / 氯仿抽提以去除多余的 DNA。也可以在提取后加入 DNase I 处理,降解 DNA。

2. RNA 沉淀条件不合适。使用异丙醇沉淀 RNA 时,加入的异丙醇与提取液的比例偏高、或溶液的 pH 值偏小,都容易使 DNA 形成沉淀。